Aparentemente Apple tiene el poder de desactivar de forma remota cualquier aplicación instalada en los iPhones que tengan el Firmware 2.0 o mayor, de acuerdo a Jonathan Zdziarski del libro iPhone Forensics; el iPhone cada cierto tiempo visita un URL:
Es un archivo en el cual Apple puede hacer una lista de aplicaciones bloqueadas. Traduzco parte del texto:
Esto sugiere que el iPhone "llama a casa" [es decir, visita ese URL] cada cierto tiempo para saber quee aplicaciones debería desactivar. Por el momento ninguna aplicación ha sido listada, pero todo indica que la función ha sido agregada para deshabilitar remotamente aplicaciones que los usuarios ya han instalado y/o pagado.
Esto sería diferente a simplemente quitar la aplicación del App Store como ha sucedido con NetShare; Apple podría no permitirte usar una aplicación ya instalada en tu iPhone si ellos lo consideran necesario.
Aunque es probable que lo hagan solamente en casos extremos el simple pensamiento que un día algo que había instalado deje de funcionar porque a la empresa no le gusta, me parece demasiado. Otra razón más para hacer jailbreak.
Vía: MacRumors