Hace un año conocíamos que un equipo de la Universidad de Manchester trabajaba en la implementación de un modelo del cerebro humano usando un millón de procesadores ARM para representar el 1% de la capacidad del cerebro; un ejemplo bastante ilustrativo de investigaciones que pretenden modelar mediante software y hardware procesos y sistemas biológicos. Si hasta ahora este tipo de modelos abordaba funciones aisladas o fracciones de sistemas complejos, un equipo de la Universidad de Stanford ha alcanzado un hito bastante significativo: han desarrollado el primer modelo software de un ser vivo.
El resultado que ha alcanzado el equipo de investigación dirigido por el Profesor Markus Covert, del área de bioingeniería, es muy interesante puesto que combinando los datos de unos 900 artículos científicos y 1.900 experimentos de caracterización de los 525 genes de una bacteria en un clúster de 128 computadoras, el equipo fue capaz de obtener un modelo software de la bacteria más pequeña que habita en nuestro planeta, el Mycoplasma genitalium.
El modelo software desarrollado permitió a los investigadores realizar una simulación que requirió unas 10 horas de espera y generó 0,5 GB de información, unos datos que sirvieron para verificar que el modelo generado y la simulación eran correctas:
No puedes entender cómo funciona algo hasta que no eres capaz de reproducirlo tú mismo
El Mycoplasma genitalium es un organismo con 525 genes, una bacteria muy simple si la comparamos con la E. Coli (muy común en los experimentos de laboratorio) que tiene 4.288 genes pero que permitió al equipo trabajar con un modelo simple que pudieron caracterizar mediante múltiples experimentos y pruebas con los que comprobar la veracidad del modelo. Concretamente, el equipo modeló como si fuesen "módulos separados" 28 de los procesos biológicos de esta bacteria, con la idea de describir mediante algoritmos cómo respondían a distintos estímulos.
¿Y para qué puede servir un modelo que permita simular un organismo vivo? Al igual que en otras disciplinas como la ciencia de los materiales o la electrónica, podemos utilizar la simulaciones para verificar diseños o estudiar el comportamiento de un material sin necesidad de someterlo a un test real, en el campo de la biología este tipo de modelos software podría permitir a los investigadores verificar sus teorías o estudiar nuevos tratamientos médicos trabajando delante de un ordenador.
Si usas un modelo como guía de tus experimentos vas a poder descubrir cosas mucho más rápido
Aunque aún estamos lejos de poder modelar mediante un software el funcionamiento completo del cuerpo humano, e incluso de organismos algo más simples, este hito abre la puerta al desarrollo de herramientas CAD aplicadas a la biología, es decir, simuladores que podrían ayudar a los científicos a acelerar sus investigaciones y que, quizás, podrían nutrirse de la gran cantidad de datos generados en otras investigaciones.
Imagen: Clinical Microbiology Reviews
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Los ISOS de Tron.
FUCK YEAH
debish nos cruzamos en las reesusptas ;D, Sed, ha salido un tanto peleona pero lo bueno, es toda la gran comunidad que estamos detre1s, cada uno aportando en la medida que puede, ayudamos a que la versif3n estable sea tan estable como se espera de una Release de Debian.Y ahora tengo que confesar que si no fuera por los servers y por todo lo que implica para quienes entran en Debian, que salga una versif3n Stable como deceda en el post, en un lugar donde casi todos estamos con Testing / Sid, sereda para mi una noticia de no mucho impacto.Pero no, en mi caso y en el de muchos otros una versif3n estable significa ojo Dabo que a partir de hoy vas a menos tanto tiempo para el fin de soporte , la gran suerte es que como dije en la entrada, Lenny tendre1 un largo soporte pero no es menos cierto que tenemos que darle a la versif3n 6 final (aunque no la usemos en los desktops) la bienvenida que merece ya que para eso andamos haciendo a veces de beta testers (porque nos va la marcha-;) y no es menos cierto que en ocasiones la distro es Stable y afan sin meterse la gente en Testing / Sid, empiezas a meter historias, algo se pega con algo y ya tenemos fiesta (Que se aprende mucho)Ased que esperemos que sea df3cil y se deje domar por el bien comfan ;D
Como dato cultural, Mycoplasma tuberculosis es el causante de laenfermedad homonima en el humano, y Mycoplasma bovis en rumiantes.
Impresionante!! todo se acelera cada ves mas!! pronto el inicio del final se acerca y final del principio se aleja!
Es algo realmente sorprendente el cómo se cuantifica la vida en datos.
T- Virus en 3 ... 2 ... 1 ....
Que no se entere Gallardón que lo prohibe
No lo tengo del todo claro ¿simularon el organismo (tanto su estructura, como su comportamiento y reacciones) a partir de su ADN?.
No man, nada q ver con ADN. En este caso lo más seguro es que 1) Se recopilan las bases teóricas (en este caso es un organismo conocido) y se propone un modelo inicial hipotetico, es decir, se determinan la cantidad posible de procesos,además se desarrollan pruebas para ver si los procesos son independientes, entre otros. (Como es un organismo conocido.
2) Para cada proceso se mete algun codigo en sofware ya listo para ello y se recopilan resultados pero esta vez numéricos de lo que pasa al cambiar una u otra cosa dentro del organismo, en parte al ser conocido seguramente ya mucho de este trabajo estaba hecho.
3) A cada proceso le corresponde una o más ecuaciones diferenciales. Y con los datos recopilados se trata de plantear las mismas, después de esto se resuelven y se llega a un modelo matemático que ha de ser probado/simulado y si no da se van haciendo ajustes al mismo.
Está de más decir que las simulaciones se hacen por computadora, y se pueden hacer aplicaciones y demás, pero eso es fácil, lo complicado en sí, es el planteamiento matemático del que hablé. Esto es un trabajo multidisiplinario, pues se requiere un equipo de científicos con conocimientos en teoría de control entre otros.
Y no se que bobadas hablan de virus, en si esto no es más que una base muy general y por el lado de procesos bioquímicos simples del organismo, nada que ver con el genoma del mismo.
Para intentar hacer algo relacionado con el ADN primero tendrían que entenderlo del todo y en eso apenas están en la fase de pruebas y recopilación de datos, de eso a simulación hay mucho trecho ¬.¬
pronto nacerán los digimon XD
RT: Lfacia Peixoto.Nepo e Colegas, Na pagina 14 tem um aritgo falando justamente sobre o que conversamos no encontro de ontem. O nome do aritgo e9 Como as empresas de varejo e consumo este3o respondendo ao modo de vida das novas gerae7f5es, que querem tudo ao mesmo tempo e agora. Identifica algumas empresas que je1 perceberam as lateancias, je1 mudaram sua lf3gica de produe7e3o e este3o saindo na frente: Dell, Nike (Alie1s fiquei impressionadedssima com os novos teanis da Nike. Quem precisare1 de treinador?). Eu complementei:Lucia,fiquei pensando sobre o texto que vocea mandou da revista ontem.E cheguei a concluse3o que aquele texto eu classificaria como Nedvel 2.Como detalhei no post ():Nedvel 2 – Informae7f5es que complementam a lf3gica do processo – se3o reflexf5es, conceitos e ideias, que questionam ou refore7am nossa vise3o do processo. Se3o pessoas que ne3o este3o discutindo a lf3gica geral, mas que chegam a conclusf5es, frases, que nos mostram novos pontos de vistas, ou consolidam a vise3o geral. c9 importante se cercar desse tipo de “inputs” para aproveitar e fazer uma revise3o da lf3gica geral do processo;Sf3 se apercebe desse nedvel 2 quem je1 passou pelo nedvel 1. No primeiro nedvel, iremos ler mais livros e mais aritgos de fundo. Neste, ficamos mais com notedcias de revistas, de entrevistas em jornais, que ve3o refore7ando o nedvel 1.Ou seja, ali temos a resposta concreta de empresas para superar a tal crise que falamos.Os exemplos da Dell e da Nike mostram duas linhas diferentes de resposta, que podem ser paralelas, quedevem entrar no modelo.Dell plataforma interativa de produe7e3o de produtos e servie7os;Nike plataforma interativa para criae7e3o de comunidades em torno de nossos produtos.Note que se3o coisas diferentes, mas que devem estar uma potencializando a outra.Mas que deve ser vistas como itens diferentes.A primeira tem mais a cara de um perfil de geste3o, administrae7e3o, engenheiros;A segunda seria a substituie7e3o do atual povo da informae7e3o, conhecimento e comunicae7e3o.O que nos leva a ver como o Nedvel 2 nos ajudar a rever o Nedvel 1 (modelo).Veja bem que o nedvel 2, como vemos aqui, experieancias relevantes e descritas de uma forma clara, apontandocaminhos, se3o extremamente fateis, quando podemos encaixe1-las em algo maior, tendo um sentido claro,ou pelo menos uma tentativa de, compreender o que este1 acontecendo.
Nepo,Nessa queste3o de termos tudo para rolesver o problema, menos a vontade poledtica, me lembrou aquela frase que a Camila Leporace citou, ne3o lembro de quem: As instituie7f5es tentam preservar o problema para os quais elas seriam a solue7e3o. Ne3o sere1 esse o cerne da queste3o? Sere1 essa resisteancia, medo do deconhecido? Vamos ter que chegar no fundo do poe7o, quer dizer, da fome, para comee7armos a agir?